一族の掟により美しい森から出ることなくひっそりと暮らす少数民族クルタ族。ある日、その平穏が危険度Sクラスの盗賊集団·幻影旅団により奪われる。旅団は、クルタ族だけが持つ、興奮すると緋色に輝く世界七大美色のひとつに数えられる“緋の眼”を求めて彼らを襲撃し、皆殺しにする。

この凄惨な事件の中たったひとり生き残ったクラピカは、旅団への復讐心を胸に、稀少な事物を追求するハンターになるべく試験に望む。クラピカとともにハンターの試験を受け友情を育んだゴンとキルアのもとに、クラピカの眼が何者かによって奪われたとの知らせが入る。

急ぎ駆けつけた二人はかろうじて命を取り留めたクラピカから、クラピカの“緋の眼”を奪ったのは滅んだはずのクルタ族の一人だったと聞き、衝撃を受ける。ゴンとキルアは残された手がかりを元に捜査へ乗り出そうとしたまさにそのとき、彼らの前に幻影旅団が現れ、幻影旅団の元メンバーでヒソカが入団する前のNo.4を担っていたオモカゲが“緋の眼”を奪ったと告げる。謎に包まれるオモカゲの真の目的と、クラピカの隠された過去。絡まり合う復讐劇の火蓋が切って落とされる……。