イナズマイレブンgoクロノストーンは時空を超えた天馬の戦いが始まる。

天馬は豪炎寺から頼まれ、サッカーの楽しさを子供達に教えるために沖縄へ一時戻っていた。そして雷門中に帰ってくるとサッカー棟へ早速向かうが、部員が全く見あたらない。不審に思った天馬はそこを偶然通りかかった神童に話を聞くが、返ってきたのは「サッカー部なんて元々この学校にはない」という衝撃の言葉だった。

その後他の部員達を見つけるが、全員サッカーのことも、天馬に関する記憶も全て失っており、さらに天馬が無所属だと知ると自分の部活に勧誘してくる始末。混乱する天馬の前に一人の不思議な容貌の少年が現れ、天馬に宣告する。「お前からサッカーを消去する」と。

サッカーを守るために…時空を超えた天馬の戦いが始まる。ストーリーは第一章と違い、タイムマシンでタイムトラベルして、コメディの描写がしばしば見られるが、時には、シリアスな心象を描写したエピソードも描写されている。